تتكون موارد المركز المالية من الاتي: ا- ما يخصص له من اعتمادات في الميزانية العامة للدولة وفقا للمادة (الثامنة) من الترتيبات. ب- المقابل المالي للاعمال والخدمات التي يقدمها. ج- التبرعات، والهبات، والمساعدات، والوصايا، وريع الاوقاف، التي يقبلها المجلس. د- اي مورد اخر يقره المجلس بما لا يتعارض مع الانظمة والتعليمات. تودع اموال المركز في حساب جاري وزارة المالية لدى البنك المركزي السعودي. يفتح المركز حسابا له في البنك المركزي السعودي، وله فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات من ميزانية المركز المعتمدة وفق لوائحه المالية والادارية.