تتكون موارد الهيئة المالية مما ياتي: ا- ما يخصص لها في الميزانية العامة للدولة. ب- ما يقبله المجلس من هبات وتبرعات ومنح ووصايا وريع اوقاف. ج- المقابل المالي الذي تتقاضاه نظير التراخيص والتصاريح وما تقدمه من اعمال وخدمات. د- اي مورد اخر يقره المجلس بما لا يخالف الانظمة والتعليمات. تودع اموال الهيئة في حساب جاري وزارة المالية لدى البنك المركزي السعودي. تفتح الهيئة حسابا لها في البنك المركزي السعودي، ولها فتح حسابات في اي من البنوك المرخص لها بالعمل داخل المملكة. ويكون الصرف من هذه الحسابات وفقا لميزانية الهيئة ولوائحها المالية.