تكون للهيئة ميزانية سنوية مستقلة من مواردها المالية، ويكون لها احتياطي عام يعادل ضعف اجمالي نفقاتها المبينة في ميزانيتها السابقة؛ يودعان في حساب الهيئة بعد ان تودع ايراداتها في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. السنة المالية للهيئة هي السنة المالية للدولة.