تتكون موارد الهيئة المالية من الاتي: ا- ما يخصص للهيئة في الميزانية العامة للدولة. ب- المقابل المالي للاعمال والخدمات التي تقدمها الهيئة. ج- التبرعات والهبات والمساعدات والوصايا وريع الاوقاف التي يقبلها المجلس. د- عوائد استثمار موارد الهيئة المتاحة. ه- اي مورد اخر يقره المجلس، بما لا يتعارض مع الانظمة والتعليمات. تودع اموال الهيئة في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. تفتح الهيئة حسابا لها في البنك المركزي السعودي، ولها فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانية الهيئة المعتمدة ولوائحها المالية والادارية.