يتولى الرئيس الاختصاصات والمهمات الاتية: 1 - الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. 2 - اقتراح السياسات العامة للهيئة، المتعلقة بانشطتها، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذ ذلك، ورفعها الى المجلس. 3 - اقتراح الخطط لتطوير نشاط النقل العام في المملكة. 4 - اعداد مشروع الميزانية السنوية للهيئة ومشروع حسابها الختامي، ورفعهما الى المجلس. 5 - تمثيل الهيئة لدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها. 6 - اقتراح اللوائح اللازمة لتسيير العمل في الهيئة، واعتماد اجراءات العمل المبنية على اللوائح والقرارات الصادرة عن المجلس. 7 - الصرف من الميزانية المعتمدة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة والصلاحيات المفوضة له من المجلس. 8 - اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، ودراستها، وعرضها على المجلس. 9 - التعاقد على تنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها وفقا للانظمة والصلاحيات المخولة له. 10 - اعداد التقرير السنوي عن نشاط الهيئة والعقبات التي واجهتها واقتراح الحلول المناسبة لها، وتقديمه الى المجلس للنظر فيه ورفعه الى الجهات المختصة بعد اعتماده من المجلس. 11 - التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس. 12 - تنظيم مشاركة الهيئة في المؤتمرات والفعاليات والمهرجانات الاقليمية والدولية. 13 - اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه والقواعد والاجراءات المعتمدة، بحسب الصلاحيات المخولة له. 14 - تعيين العاملين في الهيئة طبقا للوائح، والاشراف عليهم. 15 - اقرار الخطط والبرامج اللازمة لتدريب وابتعاث وايفاد منسوبي الهيئة في جميع مجالات عملها، ومتابعة تنفيذها. 16 - مباشرة ما تخوله اياه قرارات المجلس واللوائح الخاصة بالهيئة من اختصاصات. وللرئيس ان يفوض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.