تختص الامانة العامة لمجلس شؤون الجامعات بالقيام بما ياتي: 1. مساندة المجلس في اعماله ومسؤولياته، واعداد دراساته، وتوفير البيانات والمعلومات اللازمة لاتخاذ قراراته ومتابعة تنفيذها. 2. التحضير لاجتماعات المجلس واللجان المنبثقة منه. 3. اعداد جداول اعمال اجتماعات المجلس وابلاغها للاعضاء. 4. تبليغ قرارات المجلس للجهات المعنية ومتابعتها. 5. التنسيق مع الجهات الحكومية الاخرى فيما يتعلق باعمال المجلس. 6. القيام بالاعمال الادارية والمالية للمجلس.