تكون للمؤسسة ميزانية مستقلة، تراعى فيها القواعد المتبعة في اعداد الميزانية العامة للدولة ، وتبدا سنتها مع السنة المالية للدولة، ويجوز للمؤسسة ان تضع ميزانية للمشاريع التي تزيد مدتها عن سنة.