تتمتع الهيئة بالشخصية القانونية المستقلة في حدود الاهداف والمهام المنصوص عليها في هذا النظام، وتسري في شان الامتيازات والحصانات التي تتمتع بها الهيئة في الدول الاعضاء اتفاقية حصانات وامتيازات دول مجلس التعاون الموقعة في 9 / 6 / 1404 ه الموافق 11 / 2 / 1984 م، وللهيئة ان تعقد اتفاقا خاصا بالمقر يتضمن - ومن بين امور اخرى – الحصانات والامتيازات المقررة للهيئة والعاملين فيها ولممثلي الدول الاعضاء المشاركين في اجتماعات الهيئة وكذلك الخبراء الذين تستعين بهم الهيئة وغير ذلك من المسائل الاخرى التي ترد في اتفاقات المقر.