تودع اموال الهيئة لدى مؤسسة النقد العربي السعودي، ولها فتح حسابات اخرى لهذا الغرض في البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف منها وفق ميزانية الهيئة المعتمدة.