تتالف موارد المركز المالية من المصادر الاتية: ا- ما يخصص له من اعتمادات في الميزانية العامة للدولة. ب- المقابل المالي الذي يتقاضاه عن المنتجات والخدمات والاعمال التي يقدمها. ج- ما يقبله المجلس من تبرعات وهبات ومنح ووصايا واوقاف، وفقا للاحكام المنظمة لذلك. د- اي مورد اخر يقره المجلس بما لا يخالف الانظمة والتعليمات. تودع جميع ايرادات المركز في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. يفتح المركز حسابا له في البنك المركزي السعودي، وله فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانيته.