تعفى المؤسسة من اداء كافة الرسوم والطوابع وضرائب الدخل عن النشاط الاقتصادي الذي تمارسه، في حدود الاغراض المنصوص عليها في المادة الثانية من هذا النظام. تعديلات المادة المادة الثانية عشرة: الاعفاء من رسوم الطوابع وضرائب الدخل عدلت هذه المادة بموجب المرسوم الملكي رقم (م/42) وتاريخ 11 / 7 / 1426 ه، لتصبح بالنص التالى : "تعفى المؤسسة من اداء جميع الرسوم والطوابع وضرائب الدخل عن النشاط الاقتصادي الذي تمارسه في حدود الاغراض المنصوص عليها في المادة (الثانية) من هذا النظام، ويشمل هذا الاعفاء رسوم وقود الطائرات دون انواع الوقود الاخرى الذي تستهلكه المؤسسة."