يكون للهيئة ميزانية مستقلة، تودع مبالغها في حساب خاص باسم الهيئة في البنك المركزي السعودي، ويصرف منه وفقا للوائح المالية للهيئة. السنة المالية للهيئة هي السنة المالية للدولة. واستثناء من ذلك، تبدا السنة المالية الاولى من تاريخ نفاذ التنظيم وتنتهي بنهاية السنة المالية التالية للدولة.