يلغي التنظيم كلا من تنظيم الهيئة العامة للزكاة والدخل الصادر بقرار مجلس الوزراء رقم (465) وتاريخ 20 / 7 / 1438ه، وتنظيم الهيئة العامة للجمارك الصادر بقرار مجلس الوزراء رقم (352) وتاريخ 3 / 7 / 1439ه، وكل ما يتعارض معه من احكام.