يرتبط المركز تنظيميا بوزارة الصحة، ويتمتع بالشخصية الاعتبارية المستقلة والاستقلال المالي والاداري، ويباشر المهمات والاختصاصات المنوطة به بموجب التنظيم. يكون مقر المركز الرئيس في مدينة الرياض، ويجوز للمركز انشاء فروع له داخل المملكة بحسب الحاجة.