يدير الهيئة مجلس ادارة مكون من ثلاثة عشر عضوا، ويتم تشكيله من: 1 - وزير التجارة او من ينيبه، رئيسا. 2 - وكيل الوزارة للتجارة، عضوا. 3 - وكيل وزارة المالية والاقتصاد الوطني للشئون المالية والحسابات، او من يعينه وزير المالية والاقتصاد الوطني على الا تقل مرتبته عن المرتبة الرابعة عشرة، عضوا. 4 - نائب رئيس ديوان المراقبة العامة او من يعينه رئيس الديوان على الا تقل مرتبته عن المرتبة الرابعة عشرة، عضوا. 5 - عضوين سعوديين من هيئة التدريس بقسم المحاسبة في واحدة او اكثر من جامعات المملكة، يعينهما وزير التجارة بناء على ترشيح وزير التعليم العالي . 6 - ممثل لمجلس الغرف التجارية والصناعية يعينه وزير التجارة بترشيح من مجلس الغرف، عضوا. 7 - ستة اعضاء من المحاسبين القانونيين السعوديين الممارسين للمهنة يتم انتخابهم من قبل الجمعية العمومية للهيئة لمدة ثلاث سنوات قابلة للتجديد مرة واحدة، واستثناء من ذلك يعين هؤلاء في مجلس الادارة الاول بقرار من وزير التجارة لمدة خمس سنوات. ويحضر امين عام الهيئة جلسات الادارة دون ان يكون له صوت في اصدار القرارات. ويجتمع مجلس الادارة مرة على الاقل كل تسعين يوما بدعوة من رئيسه او من ينيبه، وعلى الرئيس توجيه الدعوة الى الاجتماع كلما طلب ذلك كتابة اربعة اعضاء على الاقل. ولا تكون اجتماعات المجلس صحيحة الا بحضور اغلبية الاعضاء، على ان يكون من بينهم الرئيس او من ينيبه، وتصدر قرارات المجلس باغلبية اصوات الحاضرين، فاذا تساوت يرجح الجانب الذي صوت معه الرئيس.