تنسق الهيئة مع كل من: وزارة الدفاع، ووزارة الداخلية (حرس الحدود)، ووزارة البترول والثروة المعدنية، ووزارة الزراعة، والهيئة العامة للمساحة، وهيئة المساحة الجيولوجية السعودية، والمؤسسة العامة للموانئ، والهيئة السعودية للحياة الفطرية، والرئاسة العامة للارصاد وحماية البيئة، ومصلحة الجمارك؛ لوضع الية تكفل حماية الاثار الغارقة، وعلى هذه الجهات ابلاغ الهيئة او اقرب جهة امنية عن اي اثر غارق مكتشف، وعن الاشخاص الذين في حوزتهم اثار غارقة، وحجز ما يعثر عليه من اثار، وتسليمها الى الهيئة. تعديلات المادة المادة التاسعة والعشرون: -احلال عبارة (وزارة الصناعة والثروة المعدنية) محل عبارة (وزارة الطاقة والصناعة والثروة المعدنية) الواردة في هذه المادة، واضافة وزارة الصناعة والثروة المعدنية الى الجهات المنصوص عليها في هذه المادة، وذلك بموجب قرار مجلس الوزراء رقم (693) وتاريخ 1441/11/2ه.