تهدف المؤسسة الى التنظيم والاشراف والمحافظة على الشعب المرجانية والسلاحف واماكن تعشيشها في البحر الاحمر، وادارتها، وانمائها واستدامتها، والعمل على اعادة تاهيل الشعب المرجانية المتدهورة، واماكن تعشيش السلاحف، وذلك وفق الانظمة واللوائح ذات العلاقة.