يهدف المركز الى ادارة المعرفة والتمكين الفعال؛ لتطوير تقنيات النظم الزراعية المستدامة, والاشراف على المشروعات والبرامج البحثية، واجراء الابحاث والدراسات والتجارب، وذلك في مجالات الزراعة المحمية، والمكافحة الحيوية, والاسمدة, وترشيد استخدام المياه، وتسهيل عملية الابتكار؛ لغرض دعم الزراعة المستدامة وتنميتها والتوسع في تطبيقاتها، وله دون اخلال باختصاصات الجهات الحكومية ذات العلاقة، اتخاذ ما يلزم في سبيل تحقيق اهدافه، وعلى وجه خاص ما ياتي: اجراء الابحاث والدراسات والتجارب في مجالات عمل المركز؛ للوصول الى التقنيات الحديثة التي تتواكب مع بيئة المملكة. تطوير التقنيات الحديثة والمبتكرة وتطبيقاتها العملية ذات الصلة بمجالات عمل المركز، ونقلها، وتوطينها. بناء قاعدة بيانات الكترونية تعنى باختصاصاته، وتطويرها. وضع ما يلزم في شان تطوير الخطط والبرامج البحثية؛ لتحديد المعوقات البيئية او الانتاجية او التسويقية، وايجاد الحلول لها. التعاون مع الافراد والجهات وبيوت الخبرة المتخصصة داخل المملكة وخارجها، وذلك في حدود اختصاصات المركز. عقد المؤتمرات والندوات واللقاءات العلمية وورش العمل والدورات التدريبية، وذلك في حدود اختصاصات المركز. نشر الانتاج العلمي, والمشاركة فيه. نشر الوعي بالممارسات الزراعية المستدامة المتبعة والتقنيات الحديثة والمبتكرة. تقديم الاستشارات والدعم الفني والحلول العملية للقطاعين العام والخاص، في مجال نظم الزراعة المستدامة.