تهدف الهيئة الى تنظيم جميع الانشطة المتعلقة بالعمل الجمركي والمنافذ الجمركية، وادارتها، بما يكفل النهوض بمستواها الى اقصى درجة من الكفاية والانتاج والتنافس.