تهدف الهيئة الى تنظيم الاوقاف، والمحافظة عليها، وتطويرها، وتنميتها؛ بما يحقق شروط واقفيها، ويعزز دورها في التنمية الاقتصادية والاجتماعية والتكافل الاجتماعي، وفقا لمقاصد الشريعة الاسلامية والانظمة.