يتولى ادارة المؤسسة مجلس مكون من رئيس وثمانية اعضاء، يشكل على النحو التالي: 1 - وزير الدفاع والطيران او من ينيبه رئيسا للمجلس 2 - مدير عام المؤسسة عضوا 3 - وكيل وزارة المالية والاقتصاد الوطني عضوا 4 - وكيل وزارة المواصلات عضوا 5 - وكيل وزارة التجارة والصناعة عضوا 6 - المشرف العام للطيران المدني عضوا 7 - ثلاثة اعضاء يعينون بقرار من مجلس الوزراء، بناء على ترشيح وزير الدفاع والطيران ، ويحدد في هذا القرار مدة العضوية، والمكافاة التي تمنح مقابل العضوية. وفي حالة تعدد الوكلاء للوزارة تختار كل وزارة الوكيل الذي يمثلها في المجلس اعضاء تعديلات المادة المادة الرابعة: ادارة المؤسسة عدلت هذه المادة بموجب المرسوم الملكي رقم (م/2) وتاريخ 5 / 3 / 1400 ه ، لتصبح بالنص التالى : يتولى ادارة المؤسسة مجلس يراسه سمو وزير الدفاع والطيران او من ينيبه، وتسعة اعضاء يصدر بتسميتهم قرار من مجلس الوزراء ، بناء على ترشيح وزير الدفاع والطيران ، ممن تتوفر فيهم المؤهلات المناسبة، ويكون من بينهم: 1 - مساعد وزير الدفاع والطيران لشؤون الطيران المدني ، ومدير عام المؤسسة ، ورئيس الطيران المدني . 2 - ممثلون عن الجهات الحكومية ذات العلاقة. 3 - من يرشحهم وزير الدفاع والطيران من غير هؤلاء. ويحدد قرار مجلس الوزراء فترة عضوية من يختارهم، ومقدار المكافاة التي تمنح مقابل عضوية المجلس .