دون اخلال بما ورد في المادة (الثالثة والاربعين) من النظام، تتولى المحكمة المختصة النظر في المخالفات المشار اليها في المادة (الاربعين) من النظام، وايقاع العقوبات المنصوص عليها فيها، ويجوز لها ما ياتي: ١\- الحكم بمصادرة المضبوطات محل المخالفة. ٢\- حجز السفينة التي يشتبه بمخالفتها لاحكام النظام واللوائح؛ لمدة لا تتجاوز (تسعين) يوما، ولها كذلك الحكم بمصادرتها في حال ثبوت المخالفة. ٣\- فرض غرامة عن كل يوم يستمر فيه المخالف في مخالفته بعد تبليغه بالحكم الصادر بالعقوبة، على ان يبدا احتساب هذه الغرامة من التاريخ الذي يحدده الحكم. ٤\- مضاعفة الغرامة الموقعة على المخالف في حال تكرار المخالفة نفسها خلال سنة من تاريخ اكتساب الحكم الصادر بالعقوبة الصفة النهائية. ٥\- تضمين الحكم الصادر بالعقوبة النص على نشر ملخصه على نفقة المخالف في صحيفة محلية تصدر في مكان اقامته، فان لن يكن في مكان اقامته صحيفة ففي اقرب منطقة له، او نشره في اي وسيلة اخرى مناسبة، وذلك بحسب نوع المخالفة المرتكبة وجسامتها وتاثيرها، على ان يكون النشر بعد اكتساب الحكم الصفة النهائية.