يكون للهيئة مجلس ادارة برئاسة الوزير، وعضوية كل من: ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. ممثل من وزارة المالية. ممثل من وزارة الشؤون البلدية والقروية والاسكان. ممثل من وزارة الطاقة. ممثل من وزارة الاقتصاد والتخطيط. الرئيس التنفيذي. اثنين من ذوي الخبرة والاختصاص بعمل الهيئة يصدر بتعيينهما امر من رئيس مجلس الوزراء بناء على اقتراح من الرئيس، لمدة (ثلاث) سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة. ويجب الا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية عن المرتبة (الخامسة عشرة) او ما يعادلها.