يكون للمؤسسة مجلس ادارة برئاسة وزير البيئة والمياه والزراعة وعضوية كل من: 1- ممثل من وزارة الداخلية. 2- ممثل من وزارة الاقتصاد والتخطيط. 3- ممثل من وزارة المالية. 4- ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة. 5- ممثل من صندوق التنمية الزراعية. 6- اثنان من ذوي الاختصاص. ويحدد رئيس المجلس من ينوب عنه من الاعضاء ممثلي الاجهزة الحكومية لرئاسة المجلس، ويجب الا تقل مرتبة ممثلي الاجهزة الحكومية عن المرتبة (الرابعة عشرة)، او ما يعادلها، وتحدد مكافات الاعضاء بقرار من مجلس الوزراء. ويصدر قرار من مجلس الوزراء بتعيين العضوين المشار اليهما في الفقرة (6) بناء على ترشيح من رئيس المجلس, وتكون عضويتهما لمدة (ثلاث) سنوات قابلة للتجديد لمرة واحدة.