يكون للمؤسسة مجلس ادارة برئاسة الوزير وعضوية كل من: ا- ممثل من وزارة الاقتصاد والتخطيط. ب- ممثل من وزارة المالية. ج- ممثل من وزارة البيئة والمياه والزراعة د- ممثل من صندوق التنمية الزراعية. ه- الرئيس التنفيذي للمؤسسة. و- الرئيس التنفيذي لشركة المياه الوطنية. ز- اثنين من ذوي الخبرة والاختصاص في مجال عمل المؤسسة، يصدر بتسميتهما امر من رئيس مجلس الوزراء بناء على ترشيح من رئيس المجلس. فيما عدا الرئيس والعضوين المشار اليهما في الفقرتين الفرعيتين (ه) و(و) من الفقرة (1) من هذه المادة، تكون مدة العضوية في المجلس (ثلاث) سنوات قابلة للتجديد لمدة مماثلة ولمرة واحدة. يجب الا تقل مرتبة ممثلي الجهات الحكومية عن المرتبة (الرابعة عشرة)، او ما يعادلها. يختار الرئيس نائبا له من ممثلي الجهات الحكومية عدا الرئيس التنفيذي للمؤسسة.