المجلس هو السلطة المهيمنة على شؤون المؤسسة, ويشرف على ادارتها وتصريف شؤونها, ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اغراضها في حدود احكام التنظيم، وله على وجه خاص ما ياتي: 1- اقرار السياسات العامة للمؤسسة واستراتيجياتها وبرامجها وخططها التشغيلية في اطار الخطط العامة للدولة. 2- اقرار هيكل المؤسسة التنظيمي وفقا للاجراءات النظامية المتبعة. 3- اقتراح مشروعات الانظمة واللوائح والمعايير المنظمة لنشاط الري، وتطبيقها بعد اعتمادها وفقا للاجراءات النظامية. 4- اقرار اللوائح المالية التي تسير عليها المؤسسة بعد الاتفاق مع وزارة المالية، وغيرها من اللوائح الداخلية اللازمة لتسيير شؤونها. 5- تحديد المقابل المالي للخدمات والاعمال والتراخيص التي تقدمها المؤسسة. 6- الموافقة على مشروع ميزانية المؤسسة وحسابها الختامي وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي؛ تمهيدا لرفعها بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. 7- تعيين نائب (او اكثر) لرئيس المؤسسة بناء على ترشيحه له. 8- اقرار سياسات الاستثمار بالمؤسسة بما يحقق اهدافها وفقا للانظمة والتعليمات المتبعة. 9- قبول الوصايا والهبات والتبرعات والاوقاف والمنح التي تقدم الى المؤسسة, وفقا للاحكام المنظمة لذلك. 10- الموافقة على ابرام الاتفاقيات والعقود بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. 11- اعتماد مكافات ومزايا من تستعين بهم المؤسسة من الخبراء والمختصين ذوي الكفايات المطلوبة. 12- تعيين مراجع حسابات خارجي، ومراقب مالي داخلي. 13- تعيين امين عام للمجلس. وللمجلس تشكيل لجان دائمة او مؤقتة، من اعضائه او من سواهم، يعهد اليها بما يراه من مهمات، ويحدد في قرار تشكيل كل لجنة رئيسها واعضاؤها واختصاصاتها، ويكون لها الاستعانة بمن تراه لتادية المهمات الموكولة اليها. ويجوز للمجلس تفويض بعض صلاحياته الى من يراه من المسؤولين في المؤسسة.