المجلس هو السلطة المهيمنة على ادارة شؤون المركز وتصريف اموره، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اغراضه في حدود ما تضمنته احكام التنظيم، وله على وجه خاص الاختصاصات الاتية: رسم توجهات المركز الاساسية، واعتماد الخطط والبرامج والسياسات اللازمة لتحقيقها، والاشراف على تنفيذها. اعتماد الهيكل التنظيمي للمركز. اعتماد اللوائح المالية والادارية وغيرها من اللوائح الداخلية والفنية، على ان يكون اعتماد اللوائح المالية والاحكام ذات الاثر المالي الواردة في اللوائح الادارية بالاتفاق مع وزارة المالية. تحديد المقابل المالي الذي يتقاضاه المركز عن الرخص والاعمال والخدمات التي يقدمها. اعتماد البرامج الوطنية لكفاءة وترشيد المياه. الموافقة على مشروع ميزانية المركز، وحسابه الختامي، وتقرير مراجع الحسابات، والتقرير السنوي، تمهيدا لرفعها بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. قبول التبرعات والهبات والمنح والوصايا والاوقاف والمساعدات التي تقدم الى المركز، وفقا للاحكام المنظمة لذلك. تعيين مراقب مالي داخلي، وتحديد اتعابه. تشكيل فرق العمل واللجان من اعضاء المجلس او من غيرهم، وتحديد اختصاصاتها. ويجوز للمجلس تفويض اي من اختصاصاته او بعضها الى من يراه من المسؤولين في المركز وفق ما يقتضيه سير العمل فيه.