يعد المجلس السلطة المهيمنة على شؤون الهيئة وادارتها وتصريف امورها، ويتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق اهدافها وتنفيذ اختصاصاتها، وله على وجه خاص ما يلي: اقرار السياسات والخطط والبرامج والمبادرات ذات الصلة باختصاصات الهيئة، ومتابعة تنفيذها. الموافقة على مشروعات الاستراتيجيات الوطنية في مجال الصحة العامة، ورفعها للاعتماد، ومتابعة تنفيذها بعد اعتمادها. اقتراح مشروعات الانظمة والتنظيمات ذات الصلة باختصاصات الهيئة، واقتراح تعديل القائم منها، والرفع عنها لاستكمال الاجراءات النظامية في شانها. اقرار اللوائح المالية والادارية وغيرها من اللوائح الداخلية للهيئة، على ان يكون اقرار اللوائح الادارية بالاتفاق مع وزارة الموارد البشرية والتنمية الاجتماعية، واقرار اللوائح المالية والاحكام ذات الاثر المالي في اللوائح الاخرى بالاتفاق مع وزارة المالية. اقرار الهيكل التنظيمي للهيئة. اقرار الضوابط والاجراءات والمؤشرات والمعايير والادلة، ذات الصلة باختصاصات الهيئة. الموافقة على انشاء مختبرات الصحة العامة الخاصة بالامان البيولوجي من المستويين الثالث والرابع، وتشغيلها. تحديد المقابل المالي لما تقدمه الهيئة من خدمات او اعمال يرى المجلس استحصال مقابل مالي عنها. اقرار قواعد واجراءات تكوين اللجان العلمية والفنية وفرق العمل في الهيئة. الموافقة على مشروع الميزانية السنوية للهيئة، وحسابها الختامي، وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي؛ ورفعها بحسب الاجراءات النظامية المتبعة. تعيين مراجع خارجي معتمد (او اكثر) لحسابات الهيئة. قبول التبرعات والهبات والمنح والوصايا والاوقاف التي تقدم الى الهيئة، وفق الاجراءات النظامية المتبعة. الموافقة على فتح فروع او مكاتب للهيئة. الموافقة على ابرام الاتفاقيات والمذكرات والبروتوكولات والعقود، وفق الاجراءات النظامية المتبعة. الموافقة على الاستعانة ببيوت الخبرة ومراكز الابحاث المتخصصة داخل المملكة وخارجها، وبالخبراء والمستشارين، لتحقيق اهداف الهيئة. الموافقة على استثمار اموال الهيئة بما يحقق اهدافها، وفقا للانظمة والتعليمات والاليات ذات الصلة. النظر في التقارير الدورية التي تقدم اليه عن سير عمل الهيئة. وللمجلس تشكيل لجان دائمة او مؤقتة من اعضائه او من غيرهم، يعهد اليها بما يراه من مهمات، ويحدد في قرار تشكيل كل لجنة رئيسها واعضاؤها واختصاصاتها. وللجنة الاستعانة بمن تراه لتادية المهمات الموكولة اليها. وللمجلس تفويض بعض مهماته الى رئيسه او نائبه او اي من اعضائه او الرئيس التنفيذي، وفقا لما يقتضيه سير العمل في الهيئة.