تعطى كل مديرية عامة للشؤون الصحية الصلاحيات الادارية والمالية التي تمكنها من تادية المهام المنوطة بها بطريقة فعالة، وتراعي الوزارة ضمن ميزانيتها الاحتياجات الخاصة بكل منطقة بحسب المرافق الصحية فيها واعداد سكانها، ويخصص لكل مستشفى الاعتمادات المالية التي يحتاجها.