يكون للهيئة محافظ بالمرتبة (الممتازة) وهو المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات الاتية: 1 - اقتراح السياسات المتعلقة بنشاط الهيئة، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، ورفعها الى المجلس. 2 - الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. 3 - الاشراف على اعداد اللوائح الادارية والمالية التي تسير عليها الهيئة، وغيرها من اللوائح الداخلية؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس. 4 - اقتراح هيكل الهيئة التنظيمي، ورفعه الى المجلس. 5 - الاشراف على اعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس. 6 - الاشراف على اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، وعرضها على المجلس. 7 - التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. 8 - تمثيل الهيئة امام القضاء، ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها. 9 - اصدار قرارات ضبط المخالفات وصلاحية تفويضها، وفقا لما تقضي به الانظمة. 10 - الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس. 11 - التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي فوضه بها المجلس. 12 - اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الاحكام الواردة في التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه، بحسب الصلاحيات المخولة له. 13 - تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح المنظمة لذلك، والاشراف عليهم. 14 - اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. ولمحافظ الهيئة تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.