يكون للهيئة محافظ بمرتبة وزير، يعين بناء على اقتراح رئيس المجلس، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى الاختصاصات الاتية: 1 اقتراح السياسات والاستراتيجيات المتعلقة بنشاط الهيئة، والخطط والبرامج اللازمة لتنفيذها، ورفعها الى المجلس. 2 الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. 3 الاشراف على اعداد اللوائح الادارية والمالية التي تسير عليها الهيئة، وغيرها من اللوائح الداخلية؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس. 4 اقتراح هيكل الهيئة التنظيمي، ورفعه الى المجلس. 5 الاشراف على اعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ تمهيدا لعرضها على المجلس. 6 الاشراف على اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها، وعرضها على المجلس. 7 التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. 8 تمثيل الهيئة امام القضاء، ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. 9 الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. 10 التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. 11 اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الاحكام الواردة في التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه، بحسب الصلاحيات المخولة له. 12 تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح المنظمة لذلك، والاشراف عليهم. 13 اقرار الابتعاث والتدريب لمنسوبي الهيئة، وفقا للوائح المنظمة لذلك. 14 اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.