يكون للهيئة محافظ بمرتبة (وزير)، وهو المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم وما يقرره المجلس، ويتولى - بوجه خاص - الاختصاصات الاتية: الاشراف على اعداد السياسات العامة للهيئة وخططها وبرامجها، ومتابعة تنفيذها بعد اقرارها. الاشراف على سير العمل في الهيئة من خلال اللوائح والخطط والبرامج المعتمدة. الاشراف على اعداد اللوائح الادارية والمالية والداخلية والفنية التي تسير عليها الهيئة؛ تمهيدا لرفعها الى المجلس لاقرارها. اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة، ورفعه الى المجلس لاقراره. الاشراف على اعداد تقرير الهيئة السنوي ومشروع ميزانيتها وحسابها الختامي؛ لعرضها على المجلس للموافقة عليها؛ تمهيدا لاستكمال الاجراءات النظامية اللازمة في شانها. الاشراف على اعداد التقارير الدورية عن سير العمل في الهيئة، وعرضها على المجلس؛ للنظر فيها. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات بعد موافقة المجلس، واستكمال الاجراءات النظامية اللازمة في شانها. تمثيل الهيئة امام القضاء، ولدى الجهات الحكومية والهيئات والمؤسسات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. اعتماد الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس. التعاقد مع الغير وفق ما يقتضيه سير العمل في الهيئة، وفقا للانظمة والصلاحيات التي فوضه بها المجلس. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ الاحكام الواردة في التنظيم واللوائح الصادرة بناء عليه، بحسب الصلاحيات المخولة له. تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح المنظمة لذلك، والاشراف عليهم. اي اختصاص اخر يسنده اليه المجلس. وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من منسوبي الهيئة.