الامانة العامة تنشا امانة عامة تتبع اللجنة الوطنية وترتبط اداريا برئيس اللجنة، ويكون مقرها الرئيس في مدينة الرياض، ويعين الوزير امينا لها مختصا ذا خبرة في مجال الموارد الوراثية النباتية، وتختص بالمهمات الاتية: 1- تلقي الطلبات من اصحاب المصلحة لممارسة الانشطة المتعلقة بالموارد الوراثية النباتية. 2- توفير الموارد الوراثية النباتية من خارج الموقع الطبيعي. 3- اصدار تصاريح الجمع من الموقع الطبيعي. 4- الموافقة على الحصول على الموارد الوراثية النباتية من داخل النظام المتعدد الاطراف وخارجه. 5- ابرام اتفاق نقل المواد مع اصحاب المصلحة. 6- ابرام الاتفاق الموحد لنقل المواد مع اصحاب المصلحة. 7- العمل على تنفيذ الدراسات والبرامج التي تقرها اللجنة الوطنية. 8- اعداد التقارير الدورية المتعلقة بالموارد الوراثية النباتية. 9- استكشاف الموارد الوراثية النباتية، ورصدها، وصيانتها. 10- اصدار تصاريح دخول الموارد الوراثية النباتية وخروجها عبر المنافذ. 11- اي مهمة اخرى تسند اليها اللجنة الوطنية. وتحدد اللائحة قواعد عمل الامانة، واجراءات تنفيذ مهماتها.