مع مراعاة الاختصاصات الاخرى المسندة اليه بموجب النظام، يتولى مجلس شؤون الجامعات الاختصاصات الاتية: 1. اقرار السياسات والاستراتيجيات للتعليم الجامعي. 2. اقرار اللوائح التنظيمية للجامعات والكليات الاهلية وفروع الجامعات الاجنبية والرقابة عليها. 3. اقرار اللوائح المالية، والادارية، والاكاديمية للجامعات. 4. اقرار اللوائح المنظمة للاستثمار والايرادات الذاتية للجامعة. 5. اقرار اللوائح المنظمة لقبول التبرعات والهبات والوصايا والية الانفاق منها. 6. اقرار اللوائح المنظمة لادارة الاوقاف في الجامعات بالتنسيق مع الهيئة العامة للاوقاف. 7. اقرار اللوائح المنظمة للجمعيات العلمية والكراسي البحثية ومراكز البحث والابتكار وريادة الاعمال في الجامعات. 8. اقرار اللائحة الخاصة بانشاء المتاحف العلمية في الجامعات بالتنسيق مع الجهات ذات الاختصاص. 9. اقرار اللائحة المنظمة لصناديق الطلبة في الجامعات. 10. حوكمة وتقويم اداء الجامعات اكاديميا واداريا وماليا. 11. اقرار قواعد ترشيح رؤساء الجامعات. 12. التوصية بالموافقة على انشاء الجامعات وفروعها والكليات الاهلية وفروع الجامعات الاجنبية والغائها ودمجها ورفعها الى مجلس الوزراء للموافقة عليها. 13. اعتماد انشاء الكليات والعمادات والمعاهد والمراكز والاقسام العلمية او دمجها، او الغائها، او تعديل اسمائها. 14. تحديد المكافات والمزايا لرئيس مجلس الامناء ونائبه واعضائه. 15. تحديد الراتب والمزايا لرئيس الجامعة. 16. تحديد المكافات والمزايا لرئيس مجلس الجامعة واعضائه. 17. تحديد المكافات والمزايا لنواب رئيس الجامعة والعمداء ووكلائهم ورؤساء الاقسام العلمية واعضاء المجالس العلمية وامنائها. 18. تحديد المكافات والمزايا لامين عام مجلس شؤون الجامعات. 19. التوصية بالموافقة على اتفاقيات التعاون العلمي والفني، ومذكرات التفاهم بين الجامعات والمؤسسات الاجنبية. 20. تحديد البرامج والدورات التي يجوز للجامعة وضع مقابل مالي عليها، وتحديد القواعد العامة للمقابل المالي. 21. اعتماد التقرير السنوي المتعلق بنشاطات الجامعة وانجازاتها، ورفعه الى مجلس الوزراء. 22. الرقابة على اداء مجالس الامناء والتحقق من سلامة قراراتها. 23. الفصل فيما يطرا من تنازع في الاختصاص بين مجلسي الامناء ومجلس الجامعة. 24. دراسة ما يحيله اليه رئيسه او يقترح عرضه اي عضو من اعضائه. وللمجلس تفويض بعض صلاحياته لاي من مجالس الامناء وفق الضوابط التي يقرها مجلس شؤون الجامعات. وله تكوين لجان دائمة او مؤقتة من اعضائه او من غيرهم لدراسة ما يكلفها به.