يكون للهيئة محافظ بمرتبة (وزير)، ويعد المسؤول الاول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته وصلاحياته في حدود ما تنص عليه الترتيبات وما يقرره او يفوضه به المجلس، وله -على وجه الخصوص- ممارسة الصلاحيات الاتية: الاشراف على سير العمل في الهيئة وفقا للوائح والخطط والبرامج المعتمدة. الاشراف على اعداد مشروعات الانظمة والسياسات العامة للقطاع، واقتراح تعديل المعمول به منها، والرفع عن ذلك الى المجلس. الاشراف على اعداد مشروع الاستراتيجية الوطنية للبحث والتطوير والابتكار بما يتفق مع الاولويات والسياسات العامة المتعلقة بالقطاع، ومقترحات تحديثها، ورفعها الى المجلس. الاشراف على اعداد مشروعات الاستراتيجيات والخطط والبرامج المعنية بالقطاع في القطاعات الاقتصادية، ورفعها الى المجلس. الاشراف على اعداد الخطط والبرامج التنفيذية لتنمية القطاع وفقا للاولويات والسياسات العامة المعتمدة المتعلقة به، بما في ذلك الخطط والبرامج التنفيذية للاستراتيجية الوطنية للبحث والتطوير والابتكار لتنفيذ السياسات المعتمدة، ورفعها الى المجلس لاعتمادها، ومتابعة تنفيذها. الاشراف على اعداد اللوائح والضوابط والقواعد والمعايير والارشادات المتعلقة بالقطاع بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، ورفعها الى المجلس لاعتمادها، ومتابعة تنفيذها وفق الاجراءات النظامية. اقتراح مشروع لائحة التراخيص التي تصدرها الهيئة والمقابل المالي لها، ورفعها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح مخصصات التمويل والاعتمادات المالية المؤسسية للمختبرات الوطنية وبرامج ومبادرات البحث والتطوير والابتكار، ورفعها الى المجلس للموافقة عليها، ومتابعة تنفيذها. الاشراف على اعداد الهيكل والدليل التنظيمي للهيئة، ولوائحها المالية والادارية، وغيرها من اللوائح الداخلية والفنية اللازمة لتسيير شؤونها؛ ورفع ما يلزم منها الى المجلس لاعتمادها. اقتراح اليات وضوابط قبول الهيئة للهبات والتبرعات والاعانات والمنح والوصايا والاوقاف وفقا للاحكام المنظمة لذلك، ورفعها الى المجلس للموافقة عليها. الصرف من ميزانية الهيئة المعتمدة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للاحكام المنظمة لذلك والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، والتقرير السنوي، ومشروع الحساب الختامي، ورفعها الى المجلس. الاشراف على اعداد التقارير الدورية التي تقدم عن سير العمل في الهيئة والقطاع، ورفعها الى المجلس. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود، واستكمال ما يلزم في شانها وفق الاجراءات النظامية. متابعة تنفيذ القرارات الصادرة من المجلس، او القرارات ذات الصلة باعمال الهيئة. تشكيل لجان وفرق عمل (دائمة او مؤقتة) وفقا لما تقضي به اللوائح المعتمدة من الهيئة. التعاقد مع الغير والاستعانة بالخبراء والمستشارين المتخصصين حسب ما يقتضيه سير العمل في الهيئة، وفقا للاحكام النظامية ذات الصلة والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. تعيين منسوبي الهيئة والاشراف عليهم، وفقا للوائح المنظمة لذلك. الاشراف على تنظيم مشاركة الهيئة في المؤتمرات والندوات واللقاءات والمعارض المتعلقة بمجالات عمل الهيئة محليا واقليميا ودوليا. تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والحكومية والادارية، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره بذلك. اقرار الخطط والبرامج اللازمة لتدريب وابتعاث وايفاد منسوبي الهيئة في جميع مجالات عملها، ومتابعة تنفيذها. اي مهمة اخرى يكلفه بها المجلس. وللمحافظ تفويض اي من اختصاصاته الى غيره من منسوبي الهيئة.