تتالف موارد المركز من الاتي: اما يعتمد له من مخصص ضمن ميزانية وزارة البيئة والمياه والزراعة. ب - المقابل المالي الذي يحصل عليه عن الخدمات التي يقدمها. ج- ما يقبله المجلس من هبات واعانات وتبرعات ومنح ووصايا واوقاف. د- اي مورد اخر يقره المجلس بما لا يخالف الانظمة والتعليمات. تودع ايرادات المركز في حساب جاري وزارة المالية لدى مؤسسة النقد العربي السعودي. للمركز فتح حسابات اخرى في البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف منها وفق ميزانية المركز المعتمدة.