يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، يعين بناء على اقتراح من رئيس المجلس، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، ويتولى المهمات والاختصاصات الاتية: اقتراح سياسات الهيئة العامة، وخطة العمل والبرامج التي تسير عليها لتحقيق اهدافها، ورفعها الى المجلس لاقرارها. اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة، ولوائحها المالية والادارية، والاشراف على تنفيذها بعد اقرارها. الاشراف على سير عمل الهيئة، والعاملين فيها، وفقا للصلاحيات المنوطة به وما تحدده لوائح الهيئة. اعداد مشروع ميزانية الهيئة ومشروع الحساب الختامي وتقرير الهيئة السنوي، ورفعها الى المجلس. تمثيل الهيئة امام القضاء ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات والمنظمات المعنية، وغيرها من الجهات او المؤتمرات او الفعاليات داخل المملكة وخارجها، وله تفويض غيره في ذلك. رئاسة الفريق التفاوضي السعودي في المفاوضات التجارية، وله تفويض غيره في ذلك. الموافقة على مشاركة الهيئة واللجان والفرق المشكلة في اطارها في الاجتماعات والمفاوضات القائمة والمستقبلية، وذلك في اطار مفاوضات منظمة التجارة العالمية واتفاقيات التجارة الحرة والاتفاقيات الثنائية والاقليمية والدولية ذات الصلة، وتقديم العروض التفاوضية الاولية والمبادرات والمقترحات، وتنسيق المواقف التفاوضية مع الدول، ضمن التزامات المملكة ووفق الاجراءات النظامية المتبعة. الموافقة على عقد الهيئة للمؤتمرات والندوات واللقاءات المتعلقة بعملها وفقا للاجراءات المتبعة. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود بعد موافقة المجلس، او بحسب الصلاحيات التي يمنحه المجلس اياها، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. تعيين العاملين ذوي الكفاءة في الهيئة، والاشراف عليهم، طبقا للانظمة واللوائح ذات العلاقة. التعاقد مع الخبراء والمختصين والمستشارين في المجالات ذات العلاقة بعمل الهيئة، والموافقة على الدراسات الاستشارية ونتائجها. اعداد تقارير دورية عن اعمال الهيئة وانجازاتها ونشاطاتها والمعوقات التي تواجهها، ورفعها الى المجلس، تمهيدا لاستكمال ما يلزم في شانها. اعداد مؤشرات لقياس اداء الهيئة، ورفعها الى المجلس لاعتمادها، ومن ثم قياس الاداء وفقا لتلك المؤشرات بعد اعتمادها، واقتراح الوسائل الكفيلة بتقويم الاداء وتطويره. ممارسة اي صلاحية يسندها اليه المجلس، او تسندها اليه الانظمة او اللوائح. وللمحافظ تفويض اي من صلاحياته الى غيره من منسوبي الهيئة.