يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، وهو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة، ويمارس الاختصاصات الاتية: 1- الاشراف على اعداد هيكل الهيئة التنظيمي، ورفعه الى المجلس؛ للنظر في اقراره. 2- الاشراف على اعداد اللوائح المالية والادارية للهيئة, ورفعها الى المجلس؛ للنظر في اقرارها. 3- الاشراف على اعداد السياسات العامة للهيئة وخططها وبرامجها, ومتابعة تنفيذها بعد اقرار المجلس لها. 4- الاشراف على اعداد مشروع الميزانية والحساب الختامي والتقرير السنوي للهيئة، ورفعها الى المجلس. 5- الاشراف على سير العمل في الهيئة، وادارة الامور الجمركية وجميع الاجراءات المتعلقة بتسيير اعمال الهيئة وما يعتمده المجلس في المجال الاداري والمالي والفني للهيئة. 6- تعيين العاملين في الهيئة والاشراف على منسوبيها، وفقا للانظمة واللوائح المعمول بها. 7- الصرف من ميزانية الهيئة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المعمول بها، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس. 8- تمثيل الهيئة امام القضاء, ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة، وغيرها من الجهات داخل المملكة وخارجها. 9- التعاقد مع الغير وفق ما يقتضيه سير العمل في الهيئة، وفي حدود الصلاحيات التي فوضه بها المجلس. 10- التوقيع على الاتفاقيات ومذكرات التفاهم والعقود بعد موافقة المجلس، ووفقا للاجراءات النظامية المتبعة. 11- تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة. 12- اي اختصاص اخر يكلفه به المجلس. وللمحافظ تفويض بعض صلاحياته الى غيره من منسوبي الهيئة.