تتكون موارد المركز مما ياتي: ا- الاعتمادات المالية التي تخصص له في ميزانية الدولة. ب- المقابل المالي الذي يتقاضاه نظير تقديم الخدمات والتراخيص التي يصدرها. ج- ما يقبله المجلس من هبات وتبرعات ومنح ووصايا واوقاف. د- الموارد الاخرى التي يقرها المجلس بما لا يتعارض مع الانظمة والتعليمات. تودع اموال المركز في حساب جاري وزارة المالية في البنك المركزي السعودي. يفتح المركز حسابا له في البنك المركزي السعودي، ويجوز له فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة، ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانية المركز ولوائحه المعتمدة.