تكون للمركز ميزانية سنوية كبرنامج تشغيل ذاتي ضمن ميزانية وزارة الصحة وتتكون ايرادات المركز مما ياتي: ا‌- الاعتمادات المالية التي تخصص له في ميزانية الدولة. ب‌- المقابل المالي الذي يتقاضاه نظير تقديم الخدمات. ج - الهبات والتبرعات والاوقاف والوصايا التي يقبلها المجلس. د - الموارد الاخرى التي يقرها المجلس بما لا يتعارض مع الانظمة والتعليمات. تودع اموال المركز في حساب جاري وزارة المالية في مؤسسة النقد العربي السعودي، ويصرف منها وفقا لميزانيته المعتمدة. يفتح المركز حسابا له في مؤسسة النقد العربي السعودي، ويجوز له فتح حسابات اخرى في اي من البنوك المرخص لها بالعمل في المملكة. ويصرف من هذه الحسابات وفق ميزانيته.