يكون للهيئة محافظ بالمرتبة الممتازة، وهو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة، وتتركز مسئولياته في حدود هذا التنظيم، ويمارس الاختصاصات التالية: 1 - الاشراف على منسوبي الهيئة طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. 2 – اصدار الاوامر بمصروفات الهيئة بموجب الميزانية السنوية المعتمدة. 3 - اقتراح اللوائح المالية والادارية للهيئة وعرضها على المجلس والاشراف على تنفيذها بعد اعتمادها. 4 - متابعة تنفيذ القرارات الصادرة عن المجلس. 5 - تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة ومنجزاتها ونشاطاتها. 6 - اقتراح خطط الهيئة وبرامجها، وتقديمها الى المجلس، ومتابعة تنفيذها بعد موافقة المجلس عليها. 7 - تقديم الاقتراحات الى المجلس في شان الموضوعات الداخلة في اختصاصه. 8 - الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، والتقرير السنوي ، والحساب الختامي ، وعرضها على المجلس. 9 - تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والادارية وغيرها. 10 - اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام التنظيم ولائحته التنفيذية والقواعد والاجراءات المعتمدة، وذلك بحسب الصلاحيات المفوضة له. 11 - مباشرة ما تخوله اياه قرارات المجلس والنظم واللوائح الخاصة بالهيئة من اختصاصات. وللمحافظ تفويض بعض صلاحياته ومهماته الى غيره من مسؤولي الهيئة.