يكون للهيئة محافظ بمرتبة وزير، ونائب بالمرتبة الممتازة، ويعين المحافظ ونائبه بناء على اقتراح من رئيس المجلس ويعد المحافظ المسؤول عن ادارة الهيئة وتسيير اعمالها، والاشراف على سير عمل المراكز، وتتركز مسؤولياته وصلاحياته في حدود ما ينص عليه التنظيم، وما يقرره المجلس، وله على وجه الخصوص ممارسة الصلاحيات التالية: الاشراف على اعداد الاستراتيجية الوطنية لادارة الطوارئ، والاشراف على تنفيذها بعد اعتمادها، وتقويم تنفيذها، واقتراح اي تعديل او تطوير عليها. الاشراف على اعداد مشروعات الانظمة والتنظيمات واللوائح ذات العلاقة باختصاصات الهيئة، واجراء مراجعة بصفة دورية عليها؛ لمعرفة مدى كفايتها والعمل على تطويرها وتحديثها، وفقا للاجراءات النظامية المتبعة، والرفع للمجلس للنظر فيها. الاشراف على اعداد الاطر والخطط الوطنية والاستراتيجيات والسياسات والبرامج والمنهجيات والمعايير والضوابط والارشادات والادلة ومؤشرات وادوات قياس الاداء والتقارير ذات الصلة بالطوارئ واستمرارية الاعمال، بالتنسيق مع الجهات المعنية، بما في ذلك الاشراف على تحديد وتصنيف مستويات الحالة الطارئة. الاشراف على اعداد البرامج والسياسات للتدريب والتمرين لتنفيذ ما جاء في الخطط، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة، ورفعها للمجلس لاقرارها. الاشراف على اعداد سجل للبنية التحتية الحيوية، وتحديدها وتصنيفها، بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة. الاشراف على اعداد استراتيجية وطنية للخزن الاستراتيجي، والاشراف على تنفيذها بعد اعتمادها، وتقويمها، واقتراح تحديثها. الاشراف على اعداد القواعد والسياسات اللازمة لانشاء او تحديد المخابئ والملاجئ العامة او الخاصة، وتحديد مواصفاتها ومقاييسها، والية ادارتها والاشراف عليها، ورفعها للمجلس للنظر في اقرارها. التوصية باعلان حالة طوارئ بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة مع بيان اسبابها، واثارها، ونطاقها الجغرافي، ووفقا للقواعد التي يقرها المجلس. اصدار القرارات اللازمة لتفعيل خطط الطوارئ الوطنية وفقا للقواعد والسياسات التي يقررها المجلس. الاشراف على اعداد الهيكل التنظيمي للهيئة ولوائحها الادارية والمالية والفنية وسلالم اجور منسوبي الهيئة والخبراء والمستشارين والمتعاونين، ومكافات من تستعين بهم الهيئة واللوائح اللازمة لتسيير العمل فيها، ورفعها للمجلس لاقرارها. الصرف من الميزانية المعتمدة، واتخاذ جميع الاجراءات المالية وفقا للانظمة واللوائح المقرة، والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. الاشراف على اعداد مشروع ميزانية الهيئة، والتقرير السنوي لها، ومشروع الحساب الختامي، ورفعها للمجلس. التوقيع على الاتفاقيات والبروتوكولات والعقود، بعد موافقة المجلس، ووفقا للانظمة والتعليمات. الاستعانة بالخبراء والمستشارين والمتعاونين المتخصصين الذين تحتاج اليهم الهيئة، وفقا للانظمة واللوائح المعمول بها. التعاقد مع الكوادر البشرية للعمل في الهيئة، وفقا للهيكل التنظيمي واللوائح الداخلية المقرة من المجلس. التعاقد لتنفيذ الاعمال والخدمات وغيرها، وفقا للانظمة والصلاحيات التي يفوضه بها المجلس. تمثيل الهيئة امام القضاء ولدى الجهات الحكومية والمؤسسات والهيئات الاخرى ذات العلاقة باختصاصات الهيئة، وغيرها من الجهات داخل المملكة او خارجها وفقا للاجراءات النظامية المتبعة. متابعة تنفيذ القرارات الصادة من المجلس، او القرارات ذات الصلة بعمل الهيئة، او ما يحدده جدول مصفوفة الصلاحيات.