يكون للهيئة رئيس تنفيذي يعين ويعفى بقرار من المجلس بناء على اقتراح من اللجنة يحدد فيه راتبه ومزاياه المالية والوظيفية الاخرى، ويكون المسؤول التنفيذي عن ادارة اعمال الهيئة وشؤونها، وتتركز مسؤولياته في حدود التنظيم واللوائح، وله على وجه خاص ممارسة الاختصاصات والمسؤوليات الاتية: الاشراف على منسوبي الهيئة وفقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح المالية والادارية. الاشراف على اعمال الهيئة الفنية والادارية والمالية من خلال اللوائح والسياسات المعتمدة وفقا للتنظيم. متابعة تنفيذ القرارات التي يصدرها المجلس واللجنة. تمثيل الهيئة امام القضاء والاجهزة الحكومية والمؤسسات داخل المملكة، وكذلك الهيئات ذات العلاقة خارج المملكة. اعداد مشروع ميزانية الهيئة وحسابها الختامي وتقرير مراجع الحسابات والتقرير السنوي، وعرضها على اللجنة لمراجعتها، تمهيدا لرفعها الى المجلس لاقرارها. اعداد التقارير الخاصة بتنفيذ خطط الهيئة وبرامجها ودراساتها، وعرضها على اللجنة. الاشراف على التحضير لاجتماعات المجلس، واعداد جدول اعماله وعرضه على اللجنة لاقراره. الاشراف على التحضير لاجتماعات اللجنة، واعداد جدول اعمالها واقراره. تعيين منسوبي الهيئة وفقا للوائح الادارية والمالية. التعاقد مع الخبراء والاستشاريين المحليين والعالميين. اي مهمة اخرى يكلفه بها المجلس او رئيسه او اللجنة. ويجوز للرئيس التنفيذي تفويض بعض صلاحياته لغيره من منسوبي الهيئة.