يكون للهيئة محافظ يعين ويعفى بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، وهو المسؤول التنفيذي عن ادارة الهيئة وتسيير امورها، وتتركز مسؤولياته في حدود ما تنص عليه الانظمة والتنظيم وما يقرره المجلس، ويمارس المحافظ بوجه خاص الصلاحيات والمهمات الاتية: الاشراف على منسوبي الهيئة طبقا للصلاحيات الممنوحة له وما تحدده اللوائح. اصدار الاوامر بمصروفات الهيئة وفق الميزانية السنوية المعتمدة. اقتراح اللوائح والاجراءات والقواعد والمعايير الفنية والبيئية والتشغيلية والاجرائية، وعرضها على المجلس، والاشراف على تنفيذها بعد اعتمادها. متابعة تنفيذ القرارات الصادرة من المجلس. تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة ومنجزاتها ونشاطاتها. اقتراح خطط الهيئة وبرامجها وتقديمها الى المجلس، ومتابعة تنفيذها بعد موافقة المجلس عليها. تقديم اقتراحات الى المجلس وتوصيات في شان الاختصاصات المنصوص عليها في المواد (الرابعة) و(الخامسة) و(السابعة) من التنظيم. اعداد مشروع ميزانية الهيئة والتقرير السنوي، والاشراف على اعداد الحساب الختامي، وعرضها على المجلس. تمثيل الهيئة امام الجهات القضائية والادارية وغيرها. وله تفويض غيره بذلك. اصدار الرخص والتصاريح اللازمة لتقديم اي نشاط من انشطة الخدمات بحسب اللوائح والاجراءات المعتمدة. اصدار القرارات اللازمة لتنفيذ احكام التنظيم واللوائح المعتمدة، بحسب الصلاحيات المفوضة له. مباشرة ما تخوله اياه قرارات المجلس واللوائح الخاصة بالهيئة من اختصاصات. وله تفويض بعض صلاحياته ومهماته الى غيره من منسوبي الهيئة وفق لوائح الهيئة الداخلية.