يتولى محافظ المؤسسة ادارتها وتصريف شئونها، ويمارس الاختصاصات التالية: ا ) تمثيل المؤسسة في صلاتها بالغير وامام القضاء، في حدود الصلاحيات الممنوحة له. ب ) تنفيذ قرارات مجلس الادارة. ج) اقتراح خطط وبرامج المؤسسة وتنفيذها والاشراف عليها، بعد موافقة مجلس الادارة. د ) الاشراف على اعداد مشروع الميزانية العامة للمؤسسة ومشروع الحساب الختامي ورفعها الى مجلس الادارة. ه ) الاشراف على موظفي المؤسسة ومستخدميها وعمالها، واصدار القرارات الادارية الخاصة بتنظيم دوائر المؤسسة وتحديد اختصاصاتها، وضبط العمل وحسن سيره. و ) اصدار اوامر الصرف الخاصة بنفقات المؤسسة، وله ان يفوض غيره في ذلك. ز ) اقتراح اللوائح والقرارات التنفيذية الخاصة بنظام سير العمل بالمؤسسة وتقديمها الى مجلس الادارة. ح ) مباشرة ما تخوله اياه قرارات مجلس الادارة والنظام واللوائح بالمؤسسة من اختصاصات. ط ) اعداد التقرير السنوي عن نشاط المؤسسة وتقديمه الى مجلس الادارة. ويجوز للمحافظ ان يفوض غيره في ممارسة بعض صلاحياته. ويعتبر مجلس الادارة المرجع لمحافظ المؤسسة.