يكون للهيئة محافظ يعين ويعفى من منصبه بقرار من المجلس، ويحدد القرار اجره ومزاياه المالية الاخرى، ويعد المسؤول عن ادارة شؤون الهيئة، وتتركز مسؤولياته في حدود ما ينص عليه هذا النظام وما يقرره المجلس، ويمارس الاختصاصات الاتية: 1 - متابعة القرارات التي يصدرها المجلس، والاشراف على تنفيذها، واطلاع المجلس على ما تم في شانها. 2 - اقتراح خطط الهيئة، وبرامجها، والاشراف على تنفيذها بعد موافقة المجلس عليها. 3 - اقتراح الهيكل التنظيمي للهيئة. 4 - الاشراف على اعداد لوائح الهيئة (الادارية، والمالية، والاستثمارية)، وغيرها من اللوائح الداخلية، واقتراح تعديلها. 5 - الاشراف على سير العمل في الهيئة؛ وفقا للوائح المعتمدة. 6 - الاشراف على اعداد مشروعات الانظمة المتعلقة بنشاط الاوقاف، وعرضها على المجلس لاقرارها؛ تمهيدا لرفعها الى الجهات المختصة لاعتمادها وفقا للاجراءات المتبعة، وتقديم المقترحات في شان تعديلها وتطويرها. 7 - الاشراف على اعداد مشروعات الاستراتيجيات والخطط والسياسات المتعلقة بنشاط الاوقاف، وعرضها على المجلس لاقرارها. 8 - الاشراف على اعداد مشروع الميزانية السنوية، والتقديرات المالية، والحساب الختامي للاوقاف التي تكون الهيئة ناظرة عليها، وعرضها على المجلس. 9 - الاشراف على اعداد مشروع الميزانية السنوية، والتقديرات المالية، والحساب الختامي، والتقرير السنوي للهيئة، وعرضها على المجلس. 10 - تقديم تقارير دورية الى المجلس عن اعمال الهيئة، ومنجزاتها، ونشاطاتها. 11 - الاشراف على منسوبي الهيئة؛ طبقا للصلاحيات الممنوحة له، وما تحدده اللوائح. 12 - اعتماد اوامر الصرف الخاصة بالهيئة؛ وفقا للميزانية السنوية المعتمدة. 13 - تمثيل الهيئة في صلاتها بغيرها من الجهات، وامام القضاء. 14 - مباشرة ما تخوله اياه قرارات المجلس والانظمة واللوائح الخاصة بالهيئة من اختصاصات. وللمحافظ تفويض بعض اختصاصاته الى من يراه من المسؤولين او اللجان في الهيئة وفق ما يقتضيه سير العمل فيها.